میانجیگری همچنان از اساسی ترین فعالیت‌های مرکز حل منازعات تجارتی افغانستان محسوب می‌شود که مرکز به اساس قوانین نافذه کشور و قواعد میانجیگری خویش انجام می‌دهد، مرکز  لستی از میانجیگر‌های متخصص را در اختیار دارد که به طرفین حین مراجعه به مرکز شریک ساخته و  طرفین می‌توانند میانجیگر مورد نظر خود را در دعوی نسبتی خویش بعنوان میانجی انتخاب کنند. مرکز با استناد به قواعد و طرزالعمل‌های خویش تلاش می‌کند خدمات میانجیگری را از آغاز الی ختم در مدت 90روز انجام دهد.